Με τη μαγνητική τομογραφία εξετάζουμε
τον εγκέφαλο και το νωτιαίο μυελό. 
Είναι πιο λεπτομερής εξέταση του νευρικού
συστήματος και επιπλέον «βλέπει» και στις
3 διαστάσεις, ενώ η αξονική τομογραφία
μόνο σε 2 διαστάσεις.

Πλεονεκτήματα της μαγνητικής τομογραφίας
; 
1.πιο ακριβής εξέταση στα περισσότερα (αλλά
όχι σε όλα τα) νοσήματα του νευρικού
συστήματος 
2.δεν έχει ακτινοβολία Χ άρα είναι η πιο
ασφαλής εξέταση για τις εγκύους. Ωστόσο, αν
είναι εφικτό η εξέταση πρέπει να γίνει μετά
το 1ο τρίμηνο της κύησης.

Μειονεκτήματα της μαγνητικής τομογραφίας
; 
1.κλειστοφοβία. Το σπουδαιότερο μειονέκτημα
κατά πολλούς. 
2.η εξέταση διαρκεί 30-60 λεπτά. ʼρα είναι πολύ
δύσκολη σε ασθενείς που είναι σε λήθαργο
κλπ και δεν μπορούν να ελεγχθούν καλά. Για
το λόγο αυτό, σ’ όλες τις επείγουσες
καταστάσεις της Νευροχειρουργικής,
ξεκινάμε με την αξονική τομογραφία. 
3.αντένδειξη : μεταλλικά ξένα σώματα πχ
ορθοπεδικές λάμες. Δεν είναι όλα τα μέταλλα
συμβατά με το Μαγνήτη. Ρωτήστε το γιατρό που
σας έχει τοποθετήσει το ξένο σώμα .
4.όχι τόσο ακριβής σε ορισμένα νοσήματα πχ
στα κατάγματα.